כדי שהערך z-index יעבוד לך בצורה טובה, צריך להוסיף לו ערך של position – שימי לב שהוספתי לך position: relative; וזה עובד
body.rtl #header.logo-left .logo, body.rtl .sticky-header.logo-left .logo {
float: right;
z-index: 100000;
margin: 0px 0 -82px 0;
position: relative;
}